Quanto à bandeira, as cores que cercam o brasão lembram o nome do lugar onde se instalou o município: “Campo lindo das araras”, aves de penas coloridas, principalmente azul e vermelho. As primeiras noticias que se tem da região onde fica Batatais são do final do século XVI. Entre 1594 a 1599, os Afonso Sardinha, tanto o pai como o filho, e João do Prado alcançaram as margens do Rio Jeticai, hoje Rio Grande. Nessa marcha, provavelmente atravessaram o “Paragem do Batatais” então habitada pelos índios caiapós.

O campo de prata do escudo representa a riqueza do solo de Batatais, aliada a pureza, elevação moral e de alma de seus habitantes. A faixa ondeada representa o nome indígena tupi-guarani Mbaitata que, segundo alguns, significa “rio encachoeirado”, ou “rio cantante”, pelo choque da água nas pedras. A Cruz de Cristo que se vê no centro do escudo era usada nas caravelas do descobrimento, figurando também no Brasão da Monarquia portuguesa. Representa a religiosidade do povo de Batatais. O pergaminho verde é o símbolo da cultura e da arte, e a coroa acima do brasão é o símbolo de autonomia política do município.